Neben seiner eigenen künstlerischen Tätigkeit begann Lothar Fischer früh, sich mit Werken anderer Künstler und Kulturen auseinander zu setzen und diese zu sammeln. Dabei galt sein Interesse immer der bildnerischen Form, die seiner Meinung nach den eigentlichen Ausdruck eines Kunstwerkes ausmacht, der größtenteils spontan, emotional und selbstverständlich entsteht. Im Laufe der Jahre entstand eine sehr persönliche Sammlung, die rund 300 Arbeiten, darunter Plastiken, Gemälde und Papierarbeiten vor allem der deutschen Kunst der 1960er, 1970er, 1980er und 1990er Jahre sowie außereuropäische Bildwerke beinhaltet. Lothar und Christel Fischer erwarben nur selten Arbeiten in Galerien. Der Großteil der Objekte gelangte als Geschenk oder im Tausch mit Künstlerfreunden in ihren Besitz. Während der Zusammenarbeit der Münchner Gruppe SPUR war es üblich, Bildwerke untereinander zu tauschen. Die Werke der Sammlung von Lothar und Christel Fischer sind im wesentlichen in den Stiftungsbestand eingeflossen und werden immer wieder in Korrespondenz mit den Arbeiten des Stifters und unter Berücksichtigung thematischer Bezüge zu den Wechselausstellungen präsentiert.

Heute befinden sich etwa Heimrad Prems bedeutende Leinwand »Weg« von 1959 oder »Sich erneuernde Göttin« aus dem Jahre 1964, die zeitgleich mit Fischers Plastik »Sich Wiederholende« entstand, in der Sammlung. Auch Helmut Sturms Leinwand »Musik« von 1957, die deutliche Anklänge an Wassily Kandinskys Schaffen aufweist, ist ein Geschenk des Malers an den Bildhauer. HP Zimmer versah 1963 ein Blatt »Ohne Titel« mit der Widmung »für Christel und Lothar«. Die Wertschätzung Fischers für das Schaffen seines Lehrers Heinrich Kirchner (1902 – 1984) wird anhand des Sammlungsbestandes ebenso dokumentiert wie die freundschaftliche Nähe zu Toni Stadler (1888 – 1982). Aus den 1990er Jahren sind es vor allem Werke seiner ehemaligen Berliner Studenten, etwa von Christina von Bitter (*1965), Christian Ebert (*1971), Menno Fahl (*1967), Friedemann Grieshaber (*1968), Claudette Griffiths (*1957), Klaus Hack (*1966), Azade Köker (*1949), Ruth Loibl (*1959), Stephan Oppermann (*1959), Kristina Redeker (*1963), Rüdiger Schöll (*1957), Erol Uysal (*1963), Sati Zech (*1958) und Pomona Zipser (*1958), die den Sammlungsbestand um jüngere Positionen bereichern. Ob in Holz, Ton, Bronze, Eisen, Draht oder Papier geschaffen, machen diese Arbeiten beispielhaft sichtbar, wie selbstverständlich Fischer seine Erfahrungen an Jüngere weitergeben konnte. Trotz der Vielfältigkeit der Plastiken, Gemälde und Papierarbeiten der Sammlung zeigen alle Werke der deutschen Kunst der 1960er, 1970er, 1980er und 1990er Jahre auf eigenständige, wie auch spannende Weise die künstlerische Motivation und die bildnerische Sprache jedes einzelnen Künstlers. Diese persönliche Sammlung verdeutlicht nochmals einen Grundgedanken Fischers: »Bilden heißt nicht Abbilden.«